內設機構:
辦公室、法規審理處、電子數據審計處、財政審計一處、財政審計二處、財政審計三處、行政事業審計一處、行政事業審計二處、行政事業審計三處、農業農村審計處、金融與社會保障審計處、自然資源和生態環境審計處、企業審計一處、企業審計二處、企業審計三處、經濟責任審計一處、經濟責任審計二處、經濟責任審計三處、固定資產投資審計一處、固定資產投資審計二處、固定資產投資審計三處、固定資產投資審計四處、政策跟蹤審計處、涉外審計處、計劃執行處、內部審計指導監督處、人事處、長沙市政府投資重點項目審計中心（長沙市國有企業審計中心）
主要職能:
（一）主管全市審計工作。負責對全市財政收支和法律法規規定屬于審計監督范圍的財務收支的真實、合法和效益進行審計監督，對公共資金、國有資產、國有資源和領導干部履行經濟責任情況進行審計全覆蓋，對領導干部實行自然資源資產離任審計，對中央、省委省政府和市委市政府有關重大政策措施貫徹落實情況進行跟蹤審計。對審計、專項審計調查和核查的社會審計機構相關審計報告的結果承擔責任，并負有督促被審計單位整改的責任。
（二）貫徹執行中央和省、市關于審計工作的方針、政策和法律法規，擬訂我市審計政策，制定審計業務規章制度并監督執行。制定并組織實施全市專業領域審計工作規劃。參與起草審計、財政經濟相關地方性法規、規章草案。對直接審計、調查和核查的事項依法進行審計評價，作出審計決定或提出審計建議。
（三）向市委審計委員會提出年度市級預算執行和其他財政收支情況審計報告。向市人民政府市長提出年度市級預算執行和其他財政收支情況的審計結果報告。受市人民政府委托向市人大常委會提出市級預算執行和其他財政收支情況的審計工作報告、審計查出問題整改情況報告。向市委、市人民政府報告對其他事項的審計和專項審計調查情況及結果。依法向社會公布審計結果。向市直有關部門，區縣（市）黨委和政府通報審計情況和審計結果。
（四）直接審計下列事項，出具審計報告，在法定職權范圍內做出審計決定：
1．中央、省委省政府和市委市政府有關重大政策措施貫徹落實情況；
2．市級預算執行情況和其他財政收支，市直各部門（含直屬單位）預算執行情況、決算草案和其他財政收支；
3．區縣（市）人民政府預算執行情況、決算草案和其他財政收支，中央和省級財政轉移支付資金；
4．使用市財政資金的事業單位和社會團體的財務收支；
5．市人民政府投資和以市人民政府投資為主的建設項目的預算執行情況和決算，市重大公共工程項目的資金管理使用和建設運營情況；
6．自然資源管理、污染防治和生態保護與修復情況；
7．市屬國有企業和金融機構、市屬資本占控股或主導地位的企業和金融機構的資產、負債和損益情況；市屬國有企業和金融機構的境外資產、負債和損益；我市駐外非經營性機構的財務收支；
8．有關社會保障基金、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支；
9．法律法規規定的其他事項。
（五）按規定對市管黨政主要領導干部及其他單位主要負責人實施經濟責任審計和自然資源資產離任審計。
（六）組織實施對國家財經法律法規、規章、政策和宏觀調控措施執行情況、財政預算管理及國有資產管理使用等與國家財政收支有關的特定事項進行專項審計調查。
（七）負責省審計廳授權的審計項目和專項審計調查項目的組織實施。
（八）依法檢查審計決定執行情況，督促整改審計查出的問題，依法辦理被審計單位對審計決定提請行政復議、行政訴訟或市人民政府裁決中的有關事項。協助配合有關部門查處相關重大案件。
（九）指導和監督內部審計工作，核查社會審計機構對依法屬于審計監督對象的單位出具的相關審計報告。
（十）與區縣（市）黨委和政府共同領導區縣（市）審計機關。依法領導和監督下級審計機關的業務，組織下級審計機關實施特定項目的專項審計或審計調查，糾正或責成糾正下級審計機關違反國家規定做出的審計決定。按照干部管理權限協管區縣（市）審計機關負責人。
（十一）指導和推廣信息技術在全市審計系統的應用。
（十二）完成市委市政府交辦的其他任務。