內設機構：
辦公室（安全生產辦公室）、黨建工作處、人事處（衛健人才工作辦公室）、規劃發展與信息化處、財務處、行政審批與政務服務處（法規處）、體制改革處、傳染病防控處、衛生免疫規劃與職業健康處、醫政處、基層衛生健康處、科技教育處（國際合作處）、綜合監督處（食品安全標準與監測處）、藥物政策與基本藥物制度處、婦幼健康處、醫療應急處、人口監測與家庭發展處、宣傳處、保健處、中醫處（長沙市中醫藥管理局）、愛國衛生與健康促進處。另設機關黨委、離退休人員管理服務處。
主要職能：
（一）貫徹執行國民健康政策及國家衛生健康法律法規、省衛生健康地方性法規，擬訂全市衛生健康政策、規劃、地方標準和技術規范并組織實施。統籌規劃全市衛生健康服務資源配置，指導區域衛生健康規劃的編制和實施。制定并組織實施推進衛生健康基本公共服務均等化、普惠化、便捷化和公共資源向基層延伸等政策措施。
（二）協調推進全市深化醫藥衛生體制改革，研究提出全市深化醫藥衛生體制改革政策、措施的建議。組織深化公立醫院綜合改革，推進管辦分離，健全現代醫院管理制度，制定并組織實施推動衛生健康公共服務提供主體多元化、提供方式多樣化的政策措施。
（三）貫徹落實黨中央關于疾病預防控制工作的方針政策和決策部署，全面落實省委、市委關于疾病預防控制工作的部署要求。制定并組織落實全市疾病預防控制規劃、免疫規劃以及嚴重危害人民健康公共衛生問題的干預措施。負責衛生應急工作，組織指導突發公共衛生事件的預防控制和各類突發公共事件（含生產安全事故）的醫療衛生救援。
（四）貫徹執行國家藥物政策和國家基本藥物制度，開展藥品使用監測、臨床綜合評價和短缺藥品預警。組織開展食品安全風險監測，負責食源性疾病及與食品安全事故有關的流行病學調查。
（五）負責職責范圍內的職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生等公共衛生的監督管理。負責傳染病防治監督，健全衛生健康綜合監督體系。依法開展生物安全監督檢查，負責衛生健康系統的安全監督管理工作。負責人體器官捐獻和移植的監督管理。
（六）擬訂醫療機構、醫療服務行業管理辦法并監督實施，建立醫療服務評價和監督管理體系。會同有關部門實施衛生健康專業技術人員資格標準。制定并組織實施醫療服務規范、標準和衛生健康專業技術人員執業規則、服務規范。
（七）負責計劃生育管理和服務工作，開展人口監測預警，研究提出人口與家庭發展相關政策建議，提出完善計劃生育政策建議。統籌推進全市嬰幼兒照護服務發展，協調相關部門做好對嬰幼兒照護服務機構的監督管理。
（八）指導全市衛生健康工作，指導基層醫療衛生、婦幼健康服務體系建設，加強全科醫生隊伍建設。推進醫養結合工作和衛生健康科技創新發展。
（九）負責全市健康教育和衛生健康信息化建設等工作，統籌協調全市健康促進工作。加強全市衛生健康高層次人才培育管理和服務保障，組織開展國際交流合作與援外工作。
（十）負責市保健對象的醫療保健工作。負責重要來賓、重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作，指導全市保健工作。
（十一）制定全市中醫藥事業發展規劃和全市愛國衛生工作計劃并組織實施。
（十二）指導市計劃生育協會的業務工作。
（十三）完成市委、市政府交辦的其他任務。
（十四）職能轉變。市衛生健康委要進一步轉變職能，堅持黨對衛生健康工作的領導，貫徹新時代衛生與健康工作方針，全面推進健康長沙建設，把保障人民健康放在優先發展的戰略位置，弘揚偉大抗疫精神，認真總結固化疫情防控中經過實踐檢驗的經驗和模式，著力提高應對重大突發公共衛生事件的能力和水平，建立健全平戰結合的重大疫情防控救治體系，織牢全市公共衛生防護網。
市衛生健康委應當強化對全市各級疾病預防控制機構的業務領導和工作協同，建立健全疾病預防控制工作體系和網絡，為維護人民健康提供有力保障。堅持將預防關口前移，健全多渠道監測預警機制，建立智慧化預警多點觸發機制，推動公共衛生服務與醫療服務高效協同、無縫銜接，完善公共衛生重大風險評估、研判、決策機制，提高評估監測敏感性和準確性。優化資源配置，完善運行機制，堅持依法防控，落實早發現、早報告、早隔離、早治療要求，推動構建常態化管理和應急管理動態銜接的基層治理機制，強化科研支撐體系，健全決策咨詢體系，實現動態防控、科學防控、精準防控。
（十五）有關職責分工。
1.與市發展改革委的有關職責分工。市衛生健康委負責開展人口監測預警工作，研究提出與生育相關的人口數量、素質、結構、分布方面的政策建議，促進生育政策和相關經濟社會政策配套銜接，參與制定人口發展規劃，落實市人口發展規劃中的有關任務。市發展改革委負責組織監測和評估人口變動情況及趨勢影響，建立人口預測預報制度，開展重大決策人口影響評估，完善重大人口政策咨詢機制，研究提出全市人口發展戰略，擬訂人口發展規劃和人口政策，研究提出人口與經濟、社會、資源、環境協調可持續發展，以及統籌促進人口長期均衡發展的政策建議。
2.與市民政局的有關職責分工。市衛生健康委負責擬訂醫養結合政策措施，承擔老年疾病防治、老年人醫療照護、老年人心理健康與關懷服務等老年健康工作。市民政局負責組織擬訂并協調落實積極應對人口老齡化、促進養老事業發展的政策措施，擬訂養老服務體系建設規劃、法規、政策、標準并組織實施，承擔老年人福利和特殊困難老年人救助等工作。
3.與市市場監管局的有關職責分工。市衛生健康委負責食品安全風險監測工作，會同市市場監管局等部門制定、實施食品安全風險監測計劃。市衛生健康委對通過食品安全風險監測或者接到舉報發現食品可能存在安全隱患的，應當及時將相關信息通報市市場監管局等部門，市市場監管局等部門應當立即采取措施。市市場監管局等部門在監督管理工作中發現需要進行食品安全風險評估的，應當及時向市衛生健康委提出建議。市市場監管局會同市衛生健康委建立重大藥品不良反應和醫療器械不良事件相互通報機制和聯合處置機制。?
4.與市醫保局的有關職責分工。市衛生健康委、市醫保局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。