內設機構：
辦公室（公租房項目監督管理部）、人事部、政策業務部、財務會計部、稽核部、科技信息部、遠程服務部、集中審批部、維權服務部；芙蓉區管理部、天心區管理部、岳麓區管理部、開福區管理部、雨花區管理部、望城區管理部、長沙縣管理部、瀏陽市管理部、寧鄉市管理部。另設機關黨委（機關紀委）、工會。下轄鐵路分中心（下設懷化管理部）。
主要職能：
（一）編制、執行住房公積金的歸集、使用計劃。
（二）負責記載職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況。
（三）負責住房公積金的核算、保值和歸還。
（四）審批住房公積金的提取和使用。
（五）編制住房公積金歸集、使用計劃執行情況的報告。
（六）擬定住房公積金增值收益分配方案。
（七）檢查單位住房公積金的登記和繳存情況。
（八）受理違反住房公積金管理規定行為的投訴和舉報。
（九）承辦管委會決定的其他事項。